当日本朝廷决定复书之时，却被掌握外交主导权的幕府搁置。此时幕府主政者是刚刚担任执权的北条时宗，他对于世祖的国书严予拒绝，并准备应战。命西边的守护与地头严加戒备，并命居住在镰仓的西国御家人返回故乡，协助守备。

    战事开始之时，由于元军采用密集战术，与“铁炮”（石火矢）等武器，致使日军不断战败，伤亡惨重。但是由于台风突至，元与高丽军的船舰、岸上的人员丧失甚多，联军无力再战，遂退回高丽合浦。当时日本天皇的年号为“文永”，所以又称“文永之役”。

    文永之役后，幕府为了防范元军再犯，开始在九州岛岛北岸构筑石垒，以阻止元军登陆。同时加强训练水军，以便于海上迎击。

    1281年，元世祖经过计划之后，决定再次征讨日本。此时南宋已被灭，因此第二次征日军队的组成较第一次更为庞大，且兵分两路。东路军由蒙汉军、高丽军组成，有大小船舰九百艘，共四万二千人，从朝鲜的合浦出发；江南军由南宋降将范文虎率领蛮子军，船舰三千五百艘，共十万人，从浙江庆元出发。原本规划两路军在九州岛岛北部会师，但是由于江南军统帅病亡，使得未能如期会合，影响战况；当时日军早有准备，使得东征军不能顺利登陆，致使元军停留海上。同文永之役一样，元军再遇台风，停留在海上的船舰损失惨重，元军又退回合浦。此次战役，又称为“弘安之役”。

    两次元军入侵，幕府以防备为名，除了征召自己御家人参战之外，也向公卿、寺院、神社控制的庄园征兵征税，使得幕府势力增强；同时又以为了加强防卫体系，将九州岛岛及其他西陲地方的守护职位收归北条氏一族手中，更强化了北条氏的专制统治体制。

      但是，由于这两次战役是对外作战，无法比照以前在国内作战时，可以将获得的土地财货分封给有战功者，造成有功的武士对幕府产生不满。结果幕府虽然挽救了国家危机，反而加速自己的灭亡。

    镰仓幕府武士竹崎季长于1293年绘制的《蒙古袭来绘词》，本图描绘主题为武士末永在元朝军队的箭林弹雨下冲锋。